皇居と東京駅に挟まれた丸の内地区一帯のオフィスビルはその多くが駐留する連合国軍によって接収され、このうち総司令部本部は第一生命館に置かれた。マッカーサー用の机は石坂泰三のものをそのまま使用した。
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皇居を見下ろす形で堀沿いに建てられた第一生命館に本部を置くことは、連合国軍が天皇のさらに上に君臨するという政治的意図が込められている（実際にはその立地上、連合国軍による本社ビル接収を免れないことを承知していた第一生命が、総司令部に利用されれば丁寧に使われ、将来の接収解除後にも建物をそのまま利用できるという目論見から、積極的に総司令部として利用して欲しいと差し出したという記録がある）。実は東京大学（本郷キャンパス）が司令部として接収されかけたが、時の内田祥三総長が抵抗してやめさせた（「文藝春秋」より）。
なお、当時の日本政府及び日本の報道機関は連合国軍を「進駐軍（しんちゅうぐん）」と呼ばせられ、占領に対する否定的なイメージの払拭に努めさせられた [4]。
連合国軍とはいっても、その多くの職員はアメリカ合衆国軍人とアメリカの民間人で構成されていた。連合国軍最高司令官総司令部は、軍事部門である参謀部と専門部局である幕僚部から組織された。
参謀部
参謀第1部（G1 人事担当）
参謀第2部（G2 情報担当）プレスコードの実施を担当
参謀第3部（G3 作戦担当）
参謀第4部（G4 後方担当）
※特に諜報・保安・検閲を任務とする第2部（G2）が大きな発言権をもっていた。占領中に起きた数々の怪事件は、G2とその下にあったいくつもの特務機関（キャノン機関など）が関与したとも囁かれている。
幕僚部
民政局（GS:Government Section 政治行政）
経済科学局（ESS:Economic & Scientific Section 財閥解体など）
民間情報教育局（CIE:Civil Information & Educational Section 教育改革など）
天然資源局（NRS:Natural Resources Section 農地改革など）
※特に民政局（GS）が「非軍事化・民主化」政策の主導権をもっていたが、GSにはルーズベルト政権下でニューディール政策に携わっていた者が多数配属されており、日本の機構改造のために活動した。上記は中枢部分で、1946年1月段階では11部局、最終的には14部局まで拡大している。また、GSとG2が日本の運営を巡って対立。GSが片山・芦田両内閣を、G2が吉田内閣を支えており、政権交代や昭和電工事件の要因にはGSとG2の闘争があったとも言われる。逆コース以後は国務省の後押しもありG2の力が増した。